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Movable TypeはTrackBackを受けた時に自動的にIndividual Archiveを再構築してくれないらしい。
ぐぐってみると、方法を簡単にみつけることができた。
numalogのMTいじりを参考にしました。
感謝

216行目(Version 2.661)あたり、

    my $blog = MT::Blog->load($blog_id);
    $app->rebuild_indexes( Blog => $blog )
        or return $app->_response(Error =>
            $app->translate("Rebuild failed: [_1]", $app->errstr));
+    $app->rebuild_entry( Entry => $entry )
+        or return $app->_response(Error =>
+            $app->translate("Rebuild failed: [_1]", $app->errstr));

下三行を追加。
livedoorのテスト用blogからtrackbackしてみて確認しました。